Ya era mencionada en el Libro de Montería de Alfonso XI, rey de Castilla entre 1312 y 1350, como Santa María de Nacerni.
Dada la localización de la ermita, en una altura desde la que se contempla todo el valle, durante un tiempo se ha creído que aquí existió una antigua población en la actualidad desaparecida, una teoría que diversa documentación ha desechado en favor de la idea de haber sido exclusivamente un lugar de retiro espiritual.
La entrada a la ermita, que mantiene la orientación hacia el Este de las antiguas iglesias cristianas, se encuentra situada en su lado Sur, bajo una cubierta a tres aguas sobre pies derechos de madera, destacando en este lateral el único hueco de la capilla mayor formado por una ventana saetera con recercado de sillares.

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